Если полнее то - в программу CAD-CAM (на компе или на станке, не важно) водится трехмерное цифровое изображение детали. Пусть это будет компьютерная мышка - она у вас под рукой, да? Программист задает параметры, да, - в том числе траекторию движения фрезы на плоскости x-y, т.е. на виде сверху. Линейно со смещением на шаг, по спирали и проч. Теперь программа в каждой точке траектори "мысленно" опускает фрезу до контакта с "цифровой" поверхностью нашей мышки и записывает для каждой координаты x-y значение координаты z. Сегодняшние компы делают эти вычисления чик-чак. Все это переводится в понятный станку набор команд движения (G-коды) и мышка готова.