Насчет "Fully Mission Capable":
https://definedterm.com/fully_mission_capable
(Правда, это не ВВС, а Армия).
Самоё POGO:
https://www.pogo.org/investigation/2019/03/f-35-far-from-ready-to-face-current-or-future-threats/
В общем, я могу поверить, что самолеты с несколько потертым РП покрытием или с какими-то "уставшими" частями зачисляются в "неполностью боеготовые" (то есть, дело в строгости критериев, а не в недостатках). Но подозреваю, что все намного проще.
Скорее всего, "полностью боеготовые" - это те самолеты, которые получили ПО Block 3F в полном объеме, со всеми "заплатками" и протестировали его. А таких самолетов, действительно, немного, и процесс перехода на новое ПО как раз в разгаре.
https://www.dote.osd.mil/pub/reports/FY2018/pdf/dod/2018f35jsf.pdf
DOT&E Report F-35 Joint Strike Fighter (JSF)
Живописует работу над новыми версиями 3F и переход на новое ПО. Скажем,
Т.е. не на всех самолетах даже заменены недоработанные узлы (hardware), а с версиями ПО вообще полный разнобой. И, вестимо, самолеты со всякими Block 2B не могут считаться fully mission capable!