В 1982 г. комплекс "Тунгуска" был принят на вооружение Советской Армии. Тогда же были изготовлены две первые серийные боевые машины.
Серийное производство ЗСУ и части средств обслуживания и ремонта было развернуто на Ульяновском механическом заводе. На долгих три года бригада тульских конструкторов перебралась в Ульяновск. В 1984 г. первые зенитные батареи пошли в войска.
Несмотря на высочайшую насыщенность ЗСУ аппаратурой и использованием полезного объема, сравнимого с авиационной техникой, машина получилась изящная и непереутяжеленная - с полным боекомплектом и топливом вес составлял около 34 тонн
После запуска комплекса в серийное производство работы по совершенствованию ЗСУ 2С6 не прекращались. Были модернизированы ряд систем боевой машины, зенитной управляемой ракеты, претерпели изменение боевые алгоритмы и программы БМ, повышена надежность систем. В 1990 г. на вооружение Советской Армии был принят комплекс "Тунгуска-М".
Военные конфликты конца прошлого века с очевидностью продемонстрировали новую стратегию действий на поле боя - в начале боевой операции по противнику наносится массированный воздушный удар авиацией, действующей вне зон поражения средств ПВО, и беспилотными малоразмерными летательными аппаратами различного назначения: разведчики, корректировщики огня, самонаводящиеся ЛА с фугасным зарядом.
Тем самым выявлялись места расположения радиолокационных средств разведки и огневые средства ПВО, которые затем целенаправленно уничтожались. Система ПВО войск и объектов в короткое время разрушалась. Затем можно было без риска действовать пилотируемой авиацией. Таким образом, борьба с большим количеством действующих одновременно малоразмерных целей стала весьма актуальна.
Комплекс "Тунгуска-М" не мог эффективно бороться с классом малоразмерных целей. Его основное предназначение при проектировании было определено Заказчиком как истребительная и штурмовая авиация, в том числе вертолеты. Основное ограничение по борьбе с малоразмерными целями крылось в применении в составе ЗУР неконтактного датчика цели (НДЦ), построенного на базе 8-лучевого лазера. Такой НДЦ обладал хорошими эксплуатационными характеристиками, был надежен, хорошо работал как при высоких, так и низких температурах, гарантированно срабатывал при прохождении крупной цели, однако малый летательный аппарат мог "проскользнуть" незамеченным между лучами лазера.
Был у комплекса "Тунгуска-М" и еще один недостаток, который очень не нравился в войсках - полуавтоматический способ сопровождения цели наводчиком через оптический прицел. При этом изначально в машине было заложено автоматическое сопровождение цели радиолокатором сопровождения при стрельбе пушками. Артиллерийская стрельба не требовала высочайшей точности наведения, ошибки радиолокатора были незначительны для облака рассеяния снарядов близ цели. Другое дело - наведение ракеты. Она должна была пройти рядом с воздушной целью на расстоянии не более 5 метров. Радиолокатор же на расстоянии 8 км давал собственную ошибку, вдвое превышавшую требуемые параметры. И только применение оптики позволяло провести ракету рядом с целью с точностью 2-3 метра. Но для такой работы требовались операторы квалификации выше средней и для выполнения успешной стрельбы они должны были постоянно тренироваться.